過濾器必須有2種或以上的過濾方式即：物理過濾、生化過濾、化學過濾

物理過濾：它是利用機械辦法將水中較大的顆粒隔出掉。如剩余的飼料顆粒、死亡魚只的尸骨、魚體的排泄物、分泌物、嘔吐物、體表粘液等，一般多使用海綿、噴膠棉、細網目的尼龍網、棕櫚葉纖維等。通常是設置在過濾系統的初始端，便于清洗。

生物過濾： 培養有益菌菌，通過細菌分解有害元素，如：氨鹽、亞硝酸鹽、硝酸鹽、磷酸鹽等等。常用的濾料有：生化球、陶瓷環、玻璃環、珊瑚砂等等（最主要的過濾方式，維持生態系統）

化學過濾： 它是利用化學制劑除去水的雜質的辦法，所使用的制劑有水質安定劑、絮凝劑、除藻劑、蛋白質分解劑、除臭劑等等

吸附過濾：它是木材、煤炭、果殼、動物骨等含碳量極高的物質能吸附海水中的蛋白質、微量元素、脫色、除異味，連臭氧的分子也能被它吸收。魚兒的尿液，水中的微藻以及藥物也都能被它吸附掉

因為硝化細菌必須生活有流動的水的濾棉、玻璃環或底砂里，所以過濾器應該24小時開。

按過濾原理分類1.自清洗過濾器　自清洗過濾器是一種利用濾網直接攔截水中的雜質，去除水體懸浮物、顆粒物，降低濁度，凈化水質，減少系統污垢、菌藻、銹蝕等產生,以凈化水質及保護系統其他設備正常工作的精密設備。